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常用的细胞通讯软件： CellphoneDB：是公开的人工校正的，储存受体、配体以及两种相互作用的数据库。此外，还考虑了结构组成，能够描述异构复合物。（配体-受体+多聚体） iTALK：通过平均表达量方式，筛选高表达的胚体和受体，根据结果作圈图。（配体-受体） CellChat：CellChat将细胞的基因表达数据作为输入，并结合配体受体及其辅助因子的相互作用来模拟细胞间通讯。（配体-受体+多聚体+辅因子） NicheNet // NicheNet多样本分析 // 目标基因的配体和靶基因活性预测：通过将相互作用细胞的表达数据与信号和基因调控网络的先验知识相结合来预测相互作用细胞之间的配体-靶标联系的方法。( 配体-受体+信号通路） 附：NicheNet使用的常见问题汇总其它细胞互作软件还包括Celltalker，SingleCellSignalR，scTensor和SoptSC（这几个也是基于配体-受体相互作用） 1. CellPhoneDB介绍 Nature protocol原文CellPhoneDB是包含配体、受体及其相互作用的数据库，可以对细胞间的通讯分子进行全面、系统的分析，研究不同细胞类型之间的相互交流及通讯网络。 CellPhoneDB 是目前使用最广泛的细胞通讯分析软件，CellPhoneDB的配体-受体数据库集成于UniProt、Ensembl、PDB、IUPHAR等，共存储978种蛋白质：其中501种是分泌蛋白，而585种是膜蛋白，这些蛋白质参与1,396种相互作用。CellPhoneDB数据库还考虑了配体和受体的亚基结构，准确地表示了异聚体复合物，有466个是异聚体，对于准确研究多亚基复合物介导的细胞通讯很关键。CellPhoneDB有474种相互作用涉及分泌蛋白，而490种相互作用涉及膜蛋白，总共有250个涉及整合素的相互作用。 数据库链接：https://www.cellphonedb.org/ppi-resources。 目前支持的物种：人（也可通过人和鼠的同源基因比对应用于鼠） 2. CellPhoneDB原理参考：https://www.cellphonedb.org/explore-sc-rna-seq CellphoneDB基于一种细胞类型的受体和另一种细胞类型的配体的表达，得出两种细胞群之间丰富的受体-配体相互作用。对于细胞群所表达的基因，计算表达该基因的细胞百分比和基因表达平均值。若该基因只在该群中10%及以下的细胞中表达（默认值为0.1），则被移除。 将所有细胞的簇标签随机排列1000次（可选值），并确定簇中受体平均表达水平和相互作用簇中配体平均表达水平的平均值。对于两种细胞类型之间每对比较中的每一个受体-配体对，这产生了一个零分布（null distribution，亦称伯努利分布、两点分布，指的是对于随机变量X有, 参数为p(0 |
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